La Scuola Grande di San Marco, oltre alle raccolte bibliografiche ed agli strumenti medici, conserva un notevole patrimonio documentario che permette di ricostruire le molteplici vicende storiche dei vari enti assistenziali e ospedalieri presenti a Venezia nel corso dei secoli.
Nello specifico l'archivio storico conserva parte della documentazione prodotta dall'Ospedale Santi Pietro e Paolo di Castello, dall'Ospedale San Lazzaro e Mendicanti, dall'Ospedale degli Incurabili e dalla Riunione degli Istituti Pii di Venezia.
Gli atti prodotti da questi enti pervennero all'Ospedale civile provinciale ai Santi Giovanni e Paolo in seguito alla divisione degli archivi della Congregazione di Carità, avvenuta tra il 1825 ed il 1828, secondo una logica di utilità e di fruizione amministrativa delle stesse.
Il fondo antico conserva anche la documentazione prodotta dall'Ospedale civile Santi Giovanni e Paolo a far data dal Regio Decreto 11 ottobre 1879, anno in cui divenne ente autonomo dalla Congregazione di Carità. Spesso questi fondi trovano il loro completamento in archivi e carte finiti dopo complesse vicende in altri istituti veneziani quali l’IRE, l’Archivio di Stato di Venezia ed alcune biblioteche.
Il principale filo conduttore che lega questi archivi è il ricco patrimonio degli enti di assistenza e la sua dettagliata gestione; vi si possono quindi trovare atti relativi a lasciti testamentari, compravendite, livelli, eredità, mutui, donazioni, atti dotali, contabilità, estratti d'estimo, inventari oltre a disegni e mappe delle diverse proprietà ospedaliere, dislocate prevalentemente tra Veneto e Friuli Venezia-Giulia, il tutto conservato in 139 buste e 168 registri.